Depuis le 1er mars 2025, la réglementation des arrêts maladie dans la fonction publique a été modifiée. L’objectif affiché est de créer davantage d’équité entre les trois versants de la fonction publique : État, territoriale et hospitalière, tout en assurant la viabilité du système.
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Le décret du 15 février 2025 encadre les nouvelles règles applicables aux congés maladie dans la fonction publique. Cette réforme vise à rapprocher le régime des fonctionnaires de celui du secteur privé. Elle concerne l’ensemble des agents publics, avec quelques exceptions.
Un arrêt maladie entraîne une interruption temporaire du travail, et donc une suspension partielle ou totale de la rémunération. Avant la réforme, les fonctionnaires titulaires percevaient 100 % de leurs indemnités durant 90 jours. Depuis mars 2025, cette indemnisation est limitée à 90 % du traitement indiciaire brut, réduisant ainsi le montant perçu mensuellement. Cette baisse de revenu peut s’accompagner d’une réduction ou d’une suppression partielle des primes, selon les administrations.
Pendant les 90 premiers jours d’un arrêt maladie ordinaire, les agents publics percevront désormais 90 % de leur traitement brut. L’administration continue à verser le traitement mensuel, mais le montant est réduit.
Ce régime s’applique uniquement aux arrêts maladie ordinaires, et non aux congés longue maladie ou longue durée, qui obéissent à d'autres règles.
Cette réforme s’applique à tous les fonctionnaires de la fonction publique d’État, hospitalière et territoriale, y compris les stagiaires et les contractuels. Elle ne distingue pas entre les corps, les grades ou les filières. Ainsi, qu’il s’agisse d’un enseignant, d’un agent hospitalier, d’un secrétaire de mairie ou d’un agent technique, tous sont soumis à la même règle : 90 % du traitement brut pendant les trois premiers mois.
Certaines situations particulières ne sont pas concernées par la réforme. Les congés longue maladie (CLM), les congés longue durée (CLD) ainsi que les arrêts pour accident de service ou maladie professionnelle permettent toujours de bénéficier du maintien intégral du traitement. Les agents en congé maternité ou paternité ne subissent pas non plus de réduction de leur rémunération. En outre, les fonctionnaires souffrant d’affections de longue durée (ALD) peuvent être dispensés de certaines limitations. Ces exceptions sont encadrées par des textes réglementaires spécifiques, qui nécessitent des justificatifs médicaux et une validation de l’administration.
Calcul de la perte de salaire avec les nouvelles règlesAvec le passage à 90 % du traitement brut, les agents peuvent constater une perte de salaire dès le premier mois d’arrêt maladie. Cette diminution est d’autant plus marquée pour ceux dont une partie importante de la rémunération repose sur des primes ou des indemnités variables.
Le traitement indiciaire brut constitue la base de calcul de l’indemnisation en cas d’arrêt maladie. Il s’agit du salaire principal, hors primes et indemnités. Pour un agent percevant 2 500 € brut par mois, cela représente une baisse de 250 €. Ce montant peut sembler modeste, mais il s’ajoute à la potentielle perte de primes.
Les primes ne sont pas toujours maintenues en cas d’arrêt maladie. Certaines primes sont liées à l’exercice effectif des fonctions, comme la prime de fonctions et de résultats (PFR) ou la nouvelle bonification indiciaire (NBI). D’autres relèvent de dispositifs locaux décidés par les collectivités ou les hôpitaux. Ainsi, en fonction des règles internes, un agent peut perdre tout ou partie de ses primes pendant un arrêt maladie. Cette perte peut représenter jusqu’à 20 % de la rémunération globale, d’où l’utilité d’une protection complémentaire.
Prenons l’exemple d’un professeur des écoles avec un traitement brut mensuel de 2 400 € et 400 € de primes : il percevra 2 160 € de traitement brut en arrêt, et potentiellement moins si les primes sont suspendues. Un infirmier hospitalier gagnant 2 800 € brut et 600 € de primes pourrait descendre à 2 520 €, voire moins si les primes sont perdues. Pour un agent de catégorie C en collectivité locale avec un salaire brut de 1 800 € et 200 € de primes, la perte mensuelle peut atteindre 200 à 300 € selon les cas.
GMF propose l’Assurance maintien de salaire, qui permet de percevoir des indemnités journalières en complément du traitement versé par l’administration. Ce contrat offre une couverture personnalisée selon la catégorie et le statut de l’agent. Il garantit un maintien de salaire pouvant aller jusqu’à 100 %, à partir du 4ème mois d’arrêt de travail.
Combien de jours de carence dans la fonction publique ?L’Administration publique attribue des jours de carence à tous ces agents selon une loi de 2017.
Le jour de carence, instauré par la loi du 30 décembre 2017, s’applique à tous les agents publics en arrêt maladie ordinaire. Cela signifie que le premier jour d’arrêt n’est pas indemnisé. Cette mesure vise à lutter contre les arrêts courts injustifiés. Elle s’applique à chaque nouvel arrêt, sauf exceptions. Le jour de carence est décompté sur la base du calendrier, et non sur la durée du travail. Il concerne aussi bien les titulaires que les contractuels.
Plusieurs cas permettent d’échapper à l’application du jour de carence. Il s’agit principalement des congés maternité, paternité ou adoption, des congés longue maladie, et des arrêts liés à une affection de longue durée (ALD). De même, un arrêt consécutif à un accident de travail ou une maladie professionnelle n’est pas concerné. En cas de rechute d’une même pathologie dans un délai de 48 heures, le jour de carence ne s’applique pas.
Les personnels enseignants, notamment ceux affectés dans des zones prioritaires comme les REP+, peuvent bénéficier de mesures particulières. Certaines académies ont mis en place des accords permettant de compenser ou neutraliser les effets du jour de carence. Toutefois, ces mesures restent locales et dépendent des rectorats.
Il existe différents types de congés maladie et ils fonctionnent chacun différemment.
Le congé maladie ordinaire (CMO) est le plus courant dans la fonction publique. Il peut être accordé pour une durée maximale d’un an, consécutif ou non. Depuis la réforme, les trois premiers mois donnent droit à 90 % du traitement brut, puis à 50 % au-delà. Ce type de congé s’applique pour les affections courantes, sous réserve de la transmission d’un certificat médical et de l’accord de l’administration. Une reprise anticipée est possible avec l’accord du médecin traitant. Le CMO peut être renouvelé, dans la limite du plafond annuel prévu par le statut.
Le congé longue maladie (CLM) est accordé en cas d’affections graves comme une pathologie cardiaque ou une dépression sévère. Il peut durer jusqu’à trois ans, avec un traitement intégral pendant un an, puis à demi-traitement pour les deux années suivantes. Pour en bénéficier, l’agent doit fournir un certificat médical, généralement accompagné de l’avis d’un médecin agréé. Le CLM protège la carrière : les droits à avancement et à retraite sont maintenus. Ce congé offre une couverture adaptée aux maladies de longue durée, en distinguant clairement les conditions de réintégration ou de reclassement professionnel.
Le congé longue durée (CLD) est réservé aux affections très graves, comme les cancers, les maladies mentales invalidantes ou la tuberculose. Il peut être accordé pour une durée maximale de cinq ans, avec maintien du traitement à 100 % pendant trois ans, puis à 50 % pendant les deux années suivantes. Le CLD est soumis à une expertise médicale, validée par la commission de réforme. Il ne peut être utilisé qu’une seule fois par maladie et requiert un avis médical spécialisé. Ce dispositif vise à offrir une sécurité financière aux agents confrontés à des pathologies lourdes.
En plus des distinctions en fonction des pathologique, il existe également des distinctions en fonction du type d’exercice de la fonction publique.
Dans la fonction publique territoriale, les modalités d’indemnisation varient légèrement selon les collectivités. Les centres de gestion peuvent proposer des conventions de maintien de salaire via des contrats de prévoyance collectifs. Certaines primes locales peuvent être maintenues en cas d’arrêt, d’autres non. Les agents doivent donc vérifier les dispositions de leur collectivité.
Les agents de la fonction publique hospitalière, notamment les soignants, sont exposés à des risques spécifiques (gestes techniques, stress, horaires atypiques). En cas d’accident de service ou de maladie professionnelle, ils conservent 100 % de leur salaire. Pour les arrêts ordinaires, ils sont soumis aux mêmes règles que les autres agents publics : 90 % de traitement les trois premiers mois, puis demi-traitement. Les hôpitaux peuvent aussi bénéficier de conventions collectives ou de fonds spécifiques pour compléter la rémunération.
Les fonctionnaires d’État sont soumis aux mêmes règles que les autres agents depuis la réforme de 2025. Leurs arrêts maladie ordinaires donnent lieu à une indemnisation à 90 % les trois premiers mois, puis à 50 %. Le jour de carence s’applique également. Toutefois, certaines administrations centrales proposent des compléments de rémunération en fonction des postes occupés. Par exemple, les personnels de sécurité, les enseignants de l’Education Nationale en arrêt de travail ou les diplomates peuvent bénéficier de dispositifs spécifiques.
Pour mettre en place un arrêt maladie et bénéficier des indemnités, certaines démarches doivent être respectée.
En cas d’arrêt maladie, l’agent doit transmettre le certificat médical à son administration dans un délai de 48 heures. Ce document peut être envoyé sous forme papier ou numérique, selon les procédures en vigueur. Tout retard dans l’envoi peut entraîner une suspension du traitement. Le certificat doit préciser la durée de l’arrêt ainsi que le diagnostic si cela est exigé. Certaines administrations demandent également une déclaration sur l’honneur. En cas de prolongation de l’arrêt, un nouveau certificat doit être fourni dans les mêmes délais, sous peine de sanction administrative ou financière.
L’administration peut demander un contrôle médical pour vérifier la validité d’un arrêt de travail. Cette visite est réalisée par un médecin agréé ou par le médecin-conseil. Si le contrôle conclut à une incompatibilité entre l’arrêt et l’état de santé, l’agent peut être dans l’obligation de reprendre le travail. Le refus de se présenter à une convocation de contrôle ou l’absence de justification peut entraîner la suspension de la rémunération.
Pendant un arrêt maladie, l’agent doit respecter plusieurs obligations. Il doit rester à son domicile aux heures de présence définies, sauf mention contraire sur l’arrêt. Il ne peut exercer aucune autre activité professionnelle, rémunérée ou non, sauf autorisation médicale expresse. En cas de non-respect de ces règles, l’administration peut suspendre le traitement, voire engager une procédure disciplinaire.
Certaines situations impliquent des modalités spécifiques d’indemnisation. Par exemple, les arrêts pour pathologie liée à la grossesse peuvent être prolongés par un congé maternité sans rupture de droits. De même, un arrêt dû à une maladie professionnelle ouvre droit au maintien intégral de la rémunération, sans jour de carence. Les fonctionnaires peuvent également bénéficier de dispositifs particuliers pour certains types de soins comme les cures thermales prescrites médicalement.
Le mi-temps thérapeutique est accordé après un arrêt maladie, lorsque le médecin estime qu’une reprise progressive est préférable. Il permet à l’agent de reprendre ses fonctions à temps partiel tout en étant rémunéré comme un agent à plein temps. Sa durée est limitée et soumise à une validation médicale et administrative.
Lorsqu’un arrêt maladie survient pendant une grossesse, il peut être converti en congé pathologique, puis en congé maternité. Ces congés donnent lieu à une rémunération intégrale sans application du jour de carence. La durée totale est encadrée par la réglementation, mais des prolongations sont possibles en cas de grossesse difficile. Pour bénéficier de cette couverture complète, l’agent doit fournir un certificat médical précisant la nature de l’arrêt. À noter que le congé maternité permet de continuer à acquérir des droits à l’avancement, à la retraite et aux congés annuels, comme un service effectif.
Les cures thermales peuvent être prescrites pour traiter certaines pathologies chroniques, comme les rhumatismes ou l’asthme. Dans la fonction publique, elles peuvent justifier un arrêt maladie spécifique. L’agent doit alors adresser une demande préalable à son administration, accompagnée d’un certificat médical et d’un accord de prise en charge par la sécurité sociale. La durée de l’arrêt est généralement de 18 à 21 jours.
Les arrêts consécutifs à un accident de service ou à une maladie professionnelle donnent droit au maintien de la rémunération à 100 %, sans limitation de durée dans un premier temps. Ces situations ne sont pas soumises au jour de carence. L’agent doit remplir un formulaire de déclaration et faire constater l’incident par un médecin. L’administration procède à une enquête pour valider la reconnaissance du caractère professionnel.
Un arrêt maladie peut impacter les droits à la retraite et la carrière de l’agent.
Les périodes d’arrêt à plein traitement sont considérées comme du service effectif et comptent pour la durée de cotisation. En revanche, les périodes à demi-traitement peuvent ne pas être prises en compte dans leur totalité. Cela peut affecter le calcul de la pension, surtout si plusieurs arrêts interviennent au cours de la carrière. Il est donc essentiel de vérifier régulièrement ses droits et, si besoin, de compléter sa retraite par un dispositif d’épargne.
En règle générale, les fonctionnaires continuent d’acquérir des congés annuels pendant les arrêts maladie, dans la limite d’un an. Au-delà, les droits peuvent être suspendus, notamment pour les RTT, qui sont liés au temps de travail effectif. Dans certaines collectivités ou ministères, les jours non pris peuvent être reportés ou versés sur un compte épargne-temps (CET).
Les RTT dans la fonction publique hospitalière : guide complet pour comprendre et gérer vos droits en 2025.
En fonction de sa durée, un arrêt maladie peut retarder l’évolution de carrière, notamment si la période n’est pas reconnue comme du service effectif. Certaines promotions sont liées à une ancienneté de présence sur poste. Toutefois, les arrêts pour maladie professionnelle ou congé maternité n’interrompent pas le déroulement de carrière. Des aménagements sont également possibles pour les agents reconnus inaptes à reprendre leur fonction initiale.
Face à une réduction de sa rémunération pendant un arrêt maladie, plusieurs solutions permettent de préserver son niveau de vie. L’une des plus efficaces est la souscription à une assurance de prévoyance complémentaire. Elle garantit le versement d’indemnités journalières permettant de maintenir les primes jusqu’à 100 % du revenu, à partir du 4ème mois.
Les contractuels de la fonction publique ne bénéficient pas du même niveau de protection que les titulaires. Leur droit au congé maladie dépend de leur ancienneté et de la nature de leur contrat. Dans bien des cas, la rémunération est suspendue plus rapidement, ou versée sous forme d’indemnités journalières de la sécurité sociale.
En cas d’arrêt maladie prolongé, les indemnités journalières complémentaires jouent un rôle essentiel. Elles complètent la rémunération versée par l’administration, en cas de passage au demi-traitement ou en absence de maintien de primes. Ces indemnités sont généralement versées par une assurance souscrite individuellement ou collectivement.
Bon à savoir
Chez GMF, l’offre Assurance Maintien de revenu prévoit le versement de ces indemnités selon la franchise choisie. Ce dispositif permet de sécuriser ses finances tout en se consacrant pleinement à sa guérison, sans stress lié à la perte de revenus mensuels.
Fort de son esprit mutualiste et de son investissement auprès de la fonction publique, GMF a pour volonté de développer de nombreux partenariats en lien avec les acteurs majeurs du secteur, qu’ils soient de la fonction publique d’état, hospitalière, territoriale ou encore d’une entreprise publique.
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